J.P.M. Coolen MSc

Variant-PCR toont snelle opkomst van de SARS-CoV-2-deltavariant in Nijmegen: relatie met bron- en contactonderzoek, en sequencing

SAMENVATTING

Varianten van SARS-CoV-2 kunnen zorgen voor een verhoogde kans op transmissie, ernstiger ziektebeloop, toename van herinfecties en verminderde vaccineffectiviteit. Vroeg monitoren van de circulatie van ‘variants of concern’ is op epidemiologisch vlak belangrijk om zicht te houden op de verspreiding. Surveillance van varianten in Nederland is gebaseerd op ‘whole genome sequencing’ (WGS). Dit is tijdrovend, duur en wordt beperkt toegepast. Met een variant-PCR kan sneller informatie over variantverspreiding worden verkregen voor bron- en contactonderzoek (BCO) en modellering van overheidsmaatregelen. Dit artikel beschrijft de bevindingen bij de toepassing van de variant-PCR in het BCO en de relatie met WGS tijdens de opkomst van de SARS-CoV-2-deltavariant in 2021. Variant-PCR-monitoring in de regio Gelderland-Zuid toonde aan dat het aandeel deltavariant ten opzichte van de alfavariant steeg van 5% in week 20–21 naar 82% in week 26–27, met een exponentiële toename van het aantal besmettingen. In tegenstelling tot andere Nederlandse regio’s liet intensief BCO hier slechts zeer kleine clusters van hoofdzakelijk maximaal 4 personen met beperkte import uit het buitenland zien, wat werd bevestigd door WGS. Bij de bestrijding van de coronapandemie heeft de toepassing van de variant- PCR duidelijk een meerwaarde.

(TIJDSCHR INFECT 2022;17(1):9–16)

Lees verder